Misi Program Studi Teknik Sipil Pertahanan adalah :
Melaksanakan pendidikan tinggi dan pengajaran di bidang Teknik Sipil Pertahanan untuk menghasilkan hasil didik Perwira lulusan Akademi Militer yang profesional serta mampu berorientasi pada perkembangan ilmu Teknik Sipil Pertahanan secara terpadu.
Meningkatkan pencapaian standarisasi komponen pendidikan dibidang studi Teknik Sipil Pertahanan.
Meningkatkan kemampuan tenaga pendidik/dosen Teknik Sipil Pertahanan agar mempunyai knowledge dan skill, psikomotorik serta memiliki nilai integritas moral dan etika untuk mewujudkan program pendidikan.
Meningkatkan penelitian untuk menopang kemajuan pendidikan di bidang Ilmu Teknik Sipil Pertahanan.
Meningkatkan pengabdian kepada masyarakat melalui pembinaan teritorial agar dicintai dan mencintai rakyat.
Menjalin kerjasama secara berkelanjutan dengan lembaga pendidikan, lembaga penelitian, pemerintah, dunia usaha dan masyarakat untuk menunjang proses belajar mengajar program pendidikan Teknik Sipil Pertahanan.
Menyiapkan kurikulum, Taruna Akademi Militer, Fasilitas, Sarana dan Prasarana Pendidikan serta Lingkungan Pendidikan yang baik.